水族箱里誕生了4條小魚，其中包括哈羅德的女兒伊莎貝爾。伊莎貝爾的身上長著不好看的斑點還缺失了一些鱗片，她的長相遭到魚群的其他成員嘲笑。魚群首領瑟斯頓要求哈羅德必須把伊莎貝爾藏起來否則被人來發現將會把他們丟進大海里。貪玩的伊莎貝爾還是被人類發現了，她和哈羅德一起被丟進浩瀚無邊的大海里。海上突如其來的巨大風浪使得水族箱里的魚都掉進大海,一時之間，伊莎貝爾和哈羅德失散了。伊莎貝爾偶遇了艾普爾并結識了一群長相奇特的魚，它們皆因外在缺陷被同族排擠。在艾普爾的帶領下，伊莎貝爾和其它魚準備穿越火山抵達珊瑚礁尋找哈羅德。另一邊，哈羅德在海黃瓜卡爾的陪同下找尋女兒未果，傷心欲【yù】絕，隨魚群離去。成功穿越火山的伊莎貝爾在珊瑚礁與哈羅德相遇，而珊瑚礁女王的出現更令父女驚喜，原來女王竟是伊莎貝爾的媽媽。一家人歡聚在一起。